Структурата на МБАЛ СВ. ЙОАН РИЛСКИ, Ямбол е изградена в съответствие с Наредба № 49/ 18.10.2010 на МЗ и разполага със следните отделения на функционално-блоков принцип, както следва:
Консултативно - диагностичен блок:
- Приемно - консултативни кабинети
- Отделение Клинична лаборатория
- Отделение Образна диагностика
Стационарен блок:
- Хирургично отделение
- Oтделение Анестезиология и интензивно лечение
- Гинекологично отделение
- Отделение по вътрешни болести
- Отделение образна диагностика
- Отделение клинична лаборатория
Административно-стопански блок:
- Ръководство
- Финансово-счетоводен отдел
- Отдел човешки ресурси и информационно осигуряване
- Регистратура
МНОГОПРОФИЛНА БОЛНИЦА ЗА АКТИВНО ЛЕЧЕНИЕ СВ. ЙОАН РИЛСКИ, Ямбол се стреми да предоставя високо качество на предлаганите медицинските услуги.